六个月宝宝病毒感染咳嗽有痰时，可在医生的指导下使用以下药物：
1.抗病毒药物：如利巴韦林、干扰素等，可抑制病毒复制，缓解症状。
2.止咳祛痰药：如氨溴索、氨溴特罗等，可化痰止咳，使痰液易于咳出。
3.抗生素：如果宝宝咳嗽有痰的情况持续时间较长，或伴有发热、呼吸急促等症状，医生可能会考虑使用抗生素，以消除细菌感染。
4.中药：一些中药也具有抗病毒、止咳化痰的作用，如蒲地蓝口服液、双黄连口服液等，但需在医生的指导下使用。
需要注意的是，宝宝的用药剂量应根据体重、年龄等因素进行调整，同时要密切观察宝宝的病情变化，如有必要，应及时就医。此外，在宝宝咳嗽期间，还应注意保持室内空气湿润，多给宝宝喂水，有助于缓解咳嗽症状。如果宝宝咳嗽严重或出现其他异常情况，应及时就医。同时，家长应避免自行给宝宝使用药物，以免药物不良反应对宝宝造成伤害。