一、一般治疗
1.由于本病有自限性，约1-2周即可自愈。当感染单纯疱疹病毒后，不必过分紧张，规律生活，加强锻炼，经治疗后，随身体免疫能力的增强，复发次数会逐渐减少或不再复发。
2.主要是保持局部清洁、干燥。可每天用等渗生理盐水清洗，疼痛者可口服止痛药，给予精神安慰。
3.并发细菌感染者，可外用抗生素药膏。
4.局部疼痛明显者，可用5%盐酸利多卡因软膏或口服止痛药。
5.对于复发频繁的患者，可使用免疫增强剂，以减少复发。
二、抗病毒药物治疗
1.对于原发性生殖器疱疹，潜伏期2-10天，平均为6天。发病部位男性为包皮、龟头、冠状沟、阴茎。偶可见于尿道、前列腺和精囊，同性恋者可发生于肛门、直肠；女性则为外阴、大小阴唇、阴蒂、阴道、宫颈，也可发生于肛门、直肠及尿道。原发性感染的症状往往比较严重，水疱出现前接种部位常先有灼热、瘙痒或感觉异常，女性白带增多，随之局部出现淡红色斑或丘疹，在此基础上迅速出现芝麻至绿豆大群集性紧张水疱，疱液开始较清，逐渐可变成混浊甚至程脓性。疱壁薄、破后糜烂、形成浅溃疡，患者可有疼痛、烧灼感，腹股沟淋巴结肿大、压痛。
2.对于复发性生殖器疱疹，大约有60%的原发患者，会在一年内再次复发，第1年内可复发4-6次。复发性生殖器疱疹的症状，比原发性生殖器疱疹轻。复发性生殖器疱疹可合并骶骨神经根病：表现为臀部或股部疼痛或感觉异常、尿潴留、阴茎不能勃起等。其它合并症还有直肠炎、前列腺炎、尿道炎综合征等。妇女发生宫颈癌的危险性比一般妇女大5-10倍。
3.阿昔洛韦等抗病毒药物是治疗生殖器疱疹的首选药物。对于一年内复发6次以上者，遵照医嘱以维持量每抑制疗法，疗效较肯定。
三、中医治疗
1.内治法：
湿热下注：局部损害糜烂，水疱、脓疱，自觉灼热，瘙痒，疼痛，腹股沟淋巴结肿大，舌红，苔黄，脉弦数。辨证分析：由于情志不遂，肝气郁结，久而化火，肝经湿热下注，客于阴部，发为本病。治法：清热利湿，解毒止痛。方药：龙胆泻肝汤加减。
脾虚湿蕴：局部损害表面有糜烂，水疱、脓疱，自觉瘙痒，有渗液，纳差，腹胀，舌红，苔白或腻，脉弦滑。辨证分析：由于饮食不节，损伤脾胃，脾失健运，水湿内停，蕴而化热，湿热之邪下注肝经所致。治法：健脾利湿，清热解毒。方药：除湿胃苓汤加减。
气滞血瘀：局部损害消退后，疼痛不止，夜不能眠，妇女可见带下量多，舌质暗，有瘀斑，苔白，脉弦细。辨证分析：肝郁气滞，久而化火，气血凝滞，经络阻塞，不通则痛。治法：活血化瘀，行气止痛。方药：血府逐瘀汤加减。
2.外治法：
熏洗法：取马齿苋60g，枯矾30g，朴硝100g。煎水熏洗，每日2次，每次20分钟。
湿敷法：用黄连30g，黄柏30g，枯矾10g，硼砂10g。共研细末，加凡士林适量，调成糊状，外敷患处，每日换药1次。
涂擦法：用生大黄30g，黄连30g，黄柏30g，乳香15g，没药15g。共研细末，加凡士林适量，调成糊状，外涂患处，每日换药1次。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体治疗方案应在专业医生的指导下进行。