造成包皮上长小疙瘩的原因有很多，常见的有以下几种：
1.包皮龟头炎：可因各种病原体感染、局部刺激等因素引起。如果是细菌感染，龟头和包皮会出现红斑、丘疹，表面还可能有脓疱或小水疱。如果是念珠菌感染，龟头和包皮会出现红斑，表面光滑，并有小疱疹，最后会形成糜烂面。如果是滴虫感染，龟头和包皮会出现丘疹和红斑，逐渐扩大，边缘清楚，红斑上可见针头大小的小水疱，最后会形成糜烂面。
2.珍珠状阴茎丘疹：这是一种发生在阴茎冠状边缘的丘疹，属于一种良性病症，可能与包皮过长或包茎有关。丘疹没有瘙痒、疼痛等不适感，也不会破溃或出血。珍珠状阴茎丘疹一般不需要治疗，如果患者有治疗需求，可以通过激光、冷冻等物理方法去除。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区，初起为单个或多个散在的淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，后逐渐增大增多，疣体可呈乳头样、鸡冠状或菜花样突起。尖锐湿疣可通过醋酸白试验、HPV检测等方法确诊。确诊后可采用物理治疗、药物治疗、手术治疗等方法去除疣体。
4.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。生殖器疱疹好发于外生殖器及肛门周围皮肤黏膜湿润区，初起为红斑或丘疹，很快会形成水疱，疱液清亮，疱壁薄易破，可形成溃疡或糜烂。生殖器疱疹可通过核酸检测、病毒培养等方法确诊。确诊后可使用抗病毒药物进行治疗，如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等。
5.阴茎肿瘤：如阴茎癌，可发生于任何年龄，多见于包茎或包皮过长者。阴茎癌早期表现为阴茎头或包皮内板处丘疹、疣或溃疡，逐渐增大，可出现菜花样肿物，伴恶臭和脓性分泌物。阴茎癌可通过病理检查确诊。确诊后应尽早行阴茎部分切除术或阴茎全切术。
如果发现包皮上长了小疙瘩，建议及时就医，明确病因，以便进行针对性治疗。同时，要注意个人卫生，保持局部清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免不洁性生活。