怀孕初期同房后出血停止，但仍有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕初期同房刺激子宫收缩，可能导致先兆流产，引起少量出血。如果出血量减少并停止，但仍有褐色分泌物，可能是先兆流产的迹象尚未完全消失。此时需要卧床休息，避免剧烈运动和性生活，并尽快就医，医生可能会建议进行超声检查、孕激素水平测定等，以评估胎儿的情况，并决定是否需要保胎治疗。
2.宫颈病变：怀孕后，孕妇体内激素水平变化，可能导致宫颈息肉、宫颈炎等宫颈病变加重，引起同房后出血。褐色分泌物可能是血液在生殖道内残留时间较长所致。医生会进行妇科检查，了解宫颈情况，如有必要，可能会进行宫颈细胞学检查或治疗。
3.其他原因：胎盘位置异常、孕妇全身性疾病等也可能导致怀孕初期同房后出血。
对于这种情况，建议及时就医，进行详细的检查和评估。医生会根据具体情况制定相应的处理方案。在就诊前，应注意以下几点：
避免剧烈运动和性生活，以免加重出血情况。
注意休息，保持心情放松，避免紧张和焦虑情绪。
保持外阴清洁，勤换内裤，避免感染。
需要注意的是，每个孕妇的情况都可能不同，医生会根据具体情况给出个性化的建议和处理方案。及时就医并遵循医生的指导是确保孕妇和胎儿健康的重要措施。