眼睛内侧长肉疙瘩，可能是以下原因引起：
1.霰粒肿：由于睑板腺排出管道阻塞和分泌物潴留，形成的睑板腺慢性炎性肉芽肿。可单发或多发，表现为眼睑上无痛性包块，小的囊肿可以自行吸收，大的囊肿需要手术治疗。
2.麦粒肿：睫毛毛囊或其附属的皮脂腺或变态汗腺感染，又称睑腺炎。可表现为眼睑局部红肿、疼痛，当脓肿形成后，需要切开排脓。
3.结膜结石：结膜表面出现的黄白色凝结物，常见于慢性结膜炎患者，是由于结膜的分泌物和炎症细胞等积聚而成。一般无明显症状，也不需要治疗，如果结石突出于结膜表面，引起眼部不适，可以在表面麻醉下剔除。
4.翼状胬肉：一种向角膜表面生长的与结膜相连的纤维血管样组织，常发生于鼻侧的睑裂区。一般认为与长期暴露于烟尘、风沙、日光下，受紫外线照射有关。小的翼状胬肉不需要治疗，如果胬肉较大，已经侵犯到瞳孔区，会影响视力，需要手术治疗。
5.眼部肿瘤：如结膜肿瘤、眼眶肿瘤等，也会导致眼睛内侧长肉疙瘩。
如果发现眼睛内侧长肉疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并在医生的指导下进行治疗。