头顶上有块大拇指大凹进去的原因可能是颅骨凹陷性骨折、先天性颅骨发育畸形、头皮血肿等，以下是一些可能的原因：
1.颅骨凹陷性骨折：如果头部受到外力撞击，如车祸、高处坠落等，可能导致颅骨凹陷性骨折。骨折处的颅骨可能向内凹陷，形成凹陷性缺损。这种情况通常会伴有头痛、恶心、呕吐等症状，需要及时就医。
2.先天性颅骨发育畸形：有些人生来就存在颅骨发育畸形，如狭颅症、舟状头畸形等，可能导致头顶出现凹陷。这种情况通常在出生时就会被发现，但也可能在长大后逐渐显现。
3.头皮血肿：头皮下的血管破裂出血，形成血肿。血肿在吸收过程中可能会导致局部颅骨凹陷。头皮血肿通常会伴有疼痛和肿胀，一般在几周内会自行消退。
4.其他原因：颅内肿瘤、感染等也可能导致颅骨凹陷，但这种情况比较少见。
如果发现头顶有凹陷，建议及时就医，进行头部CT等检查，以确定凹陷的原因。医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。如果凹陷是由于颅骨凹陷性骨折或其他严重原因导致，可能需要手术治疗；如果凹陷是由于头皮血肿等原因导致，通常不需要特殊处理，会自行恢复。
此外，在日常生活中，要注意保护头部，避免受到外力撞击。如果头部受到外伤，要及时就医，进行检查和治疗。