怀孕40天时孕囊的正常大小一般为5mm左右。但需要注意的是，孕囊的大小可能会因个体差异和受孕时间的早晚而有所不同。以下是一些可能影响孕囊大小的因素：
1.受孕时间：受孕时间越早，孕囊可能越小；受孕时间越晚，孕囊可能越大。
2.月经周期：月经周期较长的女性，受孕时间可能相对较晚，孕囊也可能较小。
3.胚胎发育情况：如果胚胎发育良好，孕囊会随着时间的推移逐渐增大；如果胚胎发育不良，孕囊可能会小于正常大小。
如果怀孕40天时孕囊大小异常，医生可能会建议进行进一步的检查，如超声检查、血HCG检测等，以确定孕囊的发育情况和是否存在异常。如果孕囊发育异常，可能需要采取相应的措施，如保胎治疗、终止妊娠等。
此外，在怀孕早期，孕囊的发育情况还需要结合其他因素进行综合判断，如是否有胎芽、胎心搏动等。如果医生对孕囊的大小或发育情况有任何疑虑，会及时与孕妇沟通，并提供相应的建议和指导。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果对孕囊大小或怀孕情况有任何疑问，建议及时咨询医生，以获得更专业的建议和指导。同时，孕妇在孕期应注意休息，保持良好的生活习惯，按时进行产前检查，以确保自身和胎儿的健康。