疼痛性眼肌麻痹的病因尚不完全清楚，目前认为可能与下列因素有关。
1.海绵窦非特异性炎症：
感染：如副鼻窦炎、龋齿、扁桃体炎等，可通过血液循环感染海绵窦，引起炎症。
自身免疫反应：自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮、干燥综合征等，可导致免疫复合物在海绵窦内沉积，引起炎症。
2.眶上裂综合征：
眶内病变：眶内肿瘤、脓肿等可直接侵犯眶上裂，或引起眶内炎症，导致疼痛性眼肌麻痹。
外伤：眶顶骨折、颅底骨折等可导致眶上裂损伤，引起疼痛性眼肌麻痹。
3.糖尿病性眼肌麻痹：
糖尿病周围神经病变：长期糖尿病可导致周围神经病变，影响神经的营养和功能，从而导致眼外肌麻痹。
糖尿病视网膜病变：糖尿病可导致视网膜病变，影响视网膜的血液供应和神经功能，从而导致眼外肌麻痹。
4.颅内动脉瘤：
压迫：颅内动脉瘤可压迫海绵窦或眶上裂，导致疼痛性眼肌麻痹。
血管炎：颅内动脉瘤可引起血管炎，导致血管狭窄和闭塞，从而影响眼外肌的血液供应，导致眼肌麻痹。
5.其他原因：
肿瘤：颅内肿瘤、鼻咽癌等可侵犯海绵窦或眶上裂，导致疼痛性眼肌麻痹。
药物：某些药物如抗抑郁药、抗精神病药等，可引起眼外肌麻痹。
特发性：部分疼痛性眼肌麻痹患者病因不明，可能与自身免疫功能紊乱有关。
需要注意的是，疼痛性眼肌麻痹的病因复杂，需要进行详细的检查和诊断，以确定病因并采取相应的治疗措施。