生殖器部位长小疙瘩可能由多种原因引起，以下是一些可能的情况：
1.水痘：如果近期出水痘，生殖器部位出现小疙瘩，并伴有疼痛、瘙痒等症状，可能是水痘病毒感染引起的。水痘带状疱疹病毒可侵犯全身多个器官，除了皮肤，还会累及口腔、咽部、眼结合膜等部位。
2.生殖器疱疹：这是一种由单纯疱疹病毒感染引起的性传播疾病，主要表现为生殖器部位出现水疱、溃疡，并伴有疼痛、瘙痒等症状。生殖器疱疹容易复发，需要长期治疗。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，主要通过性接触传播。尖锐湿疣通常表现为生殖器部位出现菜花状、乳头状的赘生物。
4.其他：生殖器部位长小疙瘩还可能是皮脂腺异位症、传染性软疣、梅毒、炎症等原因引起。
如果发现生殖器部位长小疙瘩，建议及时就医，进行相关检查，如血常规、病毒学检查、病理学检查等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，保持生殖器清洁干燥，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。