子宫囊肿的形成原因较为复杂，可能与以下因素有关。
1.先天性子宫囊肿：是由于子宫颈腺体及周围组织的增生细胞被周围组织所挤压，腺口阻塞，使腺体内的分泌物不能外流而潴留于内，致腺腔扩张，形成大小不等的囊形肿物。
2.后天性子宫囊肿：多由良性疾病继发而来或由浆膜的间质细胞发展而来，其中有子宫肌瘤囊性变、囊性的子宫腺肌瘤、宫颈潴留囊肿及子宫浆膜囊肿等。
子宫肌瘤囊性变：多发生于女性绝经后，为子宫肌瘤玻璃样变继续发展所致，一般无明显症状，常在超声检查或手术时发现。
囊性的子宫腺肌瘤：是子宫腺肌病的一种特殊类型，多发生于30-50岁经产妇，约有半数患者同时合并子宫肌瘤。
宫颈潴留囊肿：是慢性宫颈炎的一种表现，是在宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞；腺管周围的结缔组织增生或瘢痕形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻，滞留形成的囊肿。
子宫浆膜囊肿：多由子宫出血、肌壁间肌瘤囊性变、浆液性上皮发展或玻璃样变和囊性退变、脂肪变性等所致。
3.内分泌失调：长期的饮食结构、生活习惯不好、心理压力过大等因素造成体质过度酸化，人体整体的机能下降，引起肾虚，肝肾同源，肾虚肝亦虚，进而引起下焦代谢循环变慢，造成卵巢疾病和内分泌失调，免疫功能下降，从而发展为卵巢组织异常增生，终致子宫囊肿，甚至癌变。
4.病原体感染：通常是由多种病原体感染而导致的炎症，如支原体、衣原体、细菌、病毒等，若这些病原体上行感染至子宫，可引发子宫囊肿。
5.多次人工流产：反复人工流产可造成不同程度的宫颈损伤，给病菌可乘之机，引发宫颈炎。由于炎症的刺激，局部分泌物增加，宫颈长期浸渍在炎性分泌物内就会引起宫颈囊肿。
6.性生活不卫生：性生活时不注意卫生，可将细菌带入阴道，从而引起宫颈炎，由于炎症的刺激，局部分泌物增加，宫颈长期浸渍在炎性分泌物内就会引起宫颈囊肿。
7.其他：子宫囊肿还可能与遗传、环境等因素有关。
需要注意的是，子宫囊肿的具体病因可能因人而异，对于出现子宫囊肿的患者，应及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据病因和病情选择合适的治疗方法。