阴茎根部有个小硬疙瘩的原因和治疗方法如下：
1.皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。这是一种良性皮肤病变，通常需要手术切除。
2.脂肪瘤：由成熟的脂肪组织所构成，在人体任何有脂肪的部位都可能发生，好发于肩、背、颈、乳房和腹部，其次为四肢近端，面部、头皮、阴囊和阴唇，少见于眼睑、腹膜后、结肠系膜区及胫骨前区。此类肿瘤好发于颈、肩、背、臀和大腿部，大小不一，位于皮下，呈圆形或分叶状，与周围组织分界清楚，质软，可有假囊性感，很少发生恶变。一般较小（直径1cm内），多发脂肪瘤，一般不需处理。较大者可行手术切除。
3.传染性软疣：俗称“水猴子”，是一种由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。好发于儿童和青年人，可通过直接接触和间接接触感染。在无菌条件下，挑破传染性软疣的顶端，可见到乳酪样的软疣小体，然后用镊子轻轻挤出。或直接用小镊子夹住疣体将其拔出，而后涂2%的碘酒，并稍加压迫止血。
4.尖锐湿疣：是由人乳头瘤病毒（HPV）感染所致的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。大多发生于18～50岁的中青年人。大约经过半个月至8个月，平均为3个月的潜伏期后发病。此病较为常见，主要通过性接触传播。治疗方法包括外用药物、物理治疗和手术治疗等。
5.梅毒硬下疳：是梅毒螺旋体感染引起的一种慢性、系统性性传播疾病。主要通过性途径传播，临床上可表现为一期梅毒、二期梅毒、三期梅毒、潜伏梅毒和先天梅毒（胎传梅毒）等。一期梅毒的硬下疳好发于阴茎、龟头、冠状沟、包皮、尿道口；大小阴唇、阴蒂、宫颈；肛门、肛管等。也可见于唇、舌、乳房等处。治疗方法主要是青霉素治疗。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体治疗方法应在医生的指导下进行。同时，保持局部清洁卫生，避免搔抓和挤压，以免加重病情。如果小硬疙瘩持续不消失或出现其他症状，应及时就医。