大便肛门疼出血的原因主要有以下几点：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开并形成感染性溃疡，是一种常见的肛管疾病。典型表现为肛门疼痛、出血、便秘。引起肛裂的原因很多，主要与解剖因素、感染、外伤等有关。
解剖因素：肛管外括约肌浅部在肛门后方形成肛尾韧带，较坚硬，伸缩性差；肛提肌大部分附着于肛管两侧，因此肛管前部和后部不如两侧坚强，容易损伤；肛管和直肠形成肛管直肠角，使肛管后部承受粪便压力大等。
感染：齿状线附近的慢性炎症，如后正中处的肛窦炎，向下蔓延而致皮下脓肿，破溃而成为肛裂。
外伤：干硬的粪便或异物容易引起肛管皮肤的损伤，继之感染而逐渐形成肛裂。
2.痔疮：内痔或混合痔均可引起大便肛门疼出血，一般无明显疼痛。内痔或混合痔发展到一定程度即能脱出肛门外，内痔或混合痔脱出、嵌顿，出现水肿、感染、坏死时，则有不同程度的疼痛。
内痔：位于肛门齿状线以上，截石位于3、7、11点处，无肛管皮肤所覆盖由粘膜下痔内静脉丛扩大曲张所形成柔软的静脉团，称为内痔。
混合痔：内痔与外痔相互融合即形成混合痔。
3.肛管或直肠损伤：肛管或直肠因外伤或手术而导致裂伤，引起大便肛门疼出血。
4.直肠、结肠息肉：血色鲜红、无痛、血与大便不混合。
5.溃疡性结肠炎：黏液脓血便，同时伴有左下腹痛或下腹疼痛。
6.缺血性结肠炎：多发生于有动脉硬化、糖尿病、心房颤动等疾病的老年患者，是由于肠系膜动脉栓塞或血栓形成，导致肠壁缺血、坏死所致。
7.其他：如感染性肠炎、肠套叠、阿米巴肠病、出血坏死性小肠炎等均可引起大便肛门疼出血。
总之，大便肛门疼出血的原因较多，可能是一种疾病的表现，也可能是多种疾病共同作用的结果。如果出现大便肛门疼出血的情况，建议及时就医，明确诊断，以便进行针对性治疗。