药物治疗甲亢主要适用于病情较轻、对抗甲状腺药物不过敏或有严重不良反应、妊娠或哺乳期患者、甲状腺次全切术后复发且不适宜放射性碘治疗者、碘131治疗后出现甲减者以及某些Graves眼病患者，可作为辅助治疗减轻眶周炎症反应。
通常，以下人群适合使用药物治疗甲亢：
1.病情较轻者：（1）甲状腺轻至中度肿大；（2）年龄较小或年老体弱，以及由于其他疾病而不宜手术者；（3）手术前准备；（4）作为放射性131I治疗前后的辅助治疗。
2.对抗甲状腺药物过敏或有严重不良反应者。
3.妊娠、哺乳期患者，因抗甲状腺药物可透过胎盘和经乳汁分泌，有可能造成胎儿和婴儿甲状腺功能减退，故需待分娩后再行治疗。
4.甲状腺次全切术后复发且不适宜放射性131I治疗者。
5.碘131治疗后出现甲减者。
6.某些情况下，如Graves眼病，药物治疗可作为辅助治疗，减轻眶周炎症反应。