尿道炎反复发作的原因主要有致病菌耐药、免疫力低下、潜伏隐匿感染、隐深部位的感染、并发症的影响和神经过敏因素等，这些因素导致尿道炎治疗困难，易复发。
尿道炎反复发作的原因主要有以下几点：
一、致病菌耐药。
（一）发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。
（二）由于长期、大量使用广谱抗生素，导致菌群失调，使潜伏于尿道内的细菌，如支原体、衣原体、霉菌等繁殖，诱发尿道炎。
二、免疫力低下。
（一）患者自身免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。
（二）部分尿道炎患者，免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，是尿道炎反复发作的原因之一。
三、潜伏隐匿感染。
（一）部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
（二）尿道炎的潜伏隐匿感染，是造成尿道炎复发和难治的原因之一，约占所有复发病例的80%。
四、隐深部位的感染。
（一）由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，仍可因来自前列腺的感染而复发。
（二）有些尿道炎患者可因致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。
五、并发症的影响。
（一）如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形，影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。
（二）尿道炎的并发症多，如果尿道炎得不到及时治疗，会并发睾丸炎、附睾炎、前列腺炎、精囊炎、附睾炎等疾病，会严重影响男性的生殖健康。
六、神经过敏因素。
（一）某些尿道刺激症状源于精神因素，是神经官能症的一种特殊表现。一些具有过敏体质的病人，抗过敏治疗获得一定疗效，说明一部分病人与变态反应有关。
（二）近来研究表明，这类病人往往有焦虑、忧郁、紧张、多疑、失眠等神经官能症的表现。其发病的机制可能是病人尿道中有细菌感染或有不正常的夫妻生活时，某些类似过敏反应的症状。
总之，尿道炎反复发作的原因较为复杂，需要患者及时就医，在医生的指导下进行全面的检查和治疗，同时注意个人卫生，保持良好的生活习惯，以提高治疗效果，减少复发的风险。