尿道炎反复发作的原因包括致病菌耐药、免疫力低下、潜伏隐匿感染、神经过敏因素和并发症的影响。
尿道炎反复发作的原因通常包括以下几点：
一、致病菌耐药。
（一）由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。
（二）由于长期、大量使用广谱抗生素，导致菌群失调，使潜伏在机体内的正常细菌，如某些链球菌也会引起尿道炎。
二、免疫力低下。
（一）同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。
（二）部分尿道炎患者，可因局部抵抗力下降而复发。
三、潜伏隐匿感染。
（一）部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
（二）尿道隐窝、尿道旁腺、尿道球部、前列腺等部位的感染灶，也可能因不易被彻底治愈而成为尿道炎复发的原因。
四、神经过敏因素。
某些尿道刺激症状源于精神因素，是神经官能症的一种特殊表现。一些具有过敏体质的病人，抗过敏治疗获得一定疗效，说明一部分病人与变态反应有关。
五、并发症的影响。
如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。