女性尿道炎反复发作的原因包括致病菌耐药、潜伏隐匿感染、隐深部位的感染、并发症的影响和免疫力低下。
女性尿道炎反复发作的原因通常包括以下几点：（一）致病菌耐药。（二）潜伏隐匿感染。（三）隐深部位的感染。（四）并发症的影响。（五）免疫力低下。
一、致病菌耐药
由于发病初期治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。
二、潜伏隐匿感染
部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
三、隐深部位的感染
尿道隐窝、尿道旁腺、尿道球部、前列腺等部位的感染都可能是导致尿道炎反复发作的原因，因为这些部位的病菌不易被彻底消灭，容易导致尿道炎复发。
四、并发症的影响
如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形，影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。
五、免疫力低下
同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。