尿道炎反复复发的原因包括致病菌耐药、潜伏隐匿感染、隐深部位的感染、并发症的影响和免疫力低下等，这些因素可导致治疗困难、药效不佳或病情反复。
尿道炎反复复发的原因通常包括以下几点：（一）致病菌耐药。（二）潜伏隐匿感染。（三）隐深部位的感染。（四）并发症的影响。（五）免疫力低下。
1.致病菌耐药：（1）在发病初期，由于治疗不规范，盲目用药、破坏内环境，并造成细菌耐药，疗效不佳，时好时坏，导致持续的尿道炎发生。（2）由于长期、大量使用广谱抗生素，导致菌群失调，使潜伏于尿道内的细菌，特别是革兰氏阴性杆菌、厌氧菌等大量繁殖，而产生耐药菌株，使药物疗效降低。（3）部分患者可由于局部的刺激或损伤，导致尿道黏膜炎症水肿或纤维化，使药物不易渗透到病变部位，从而影响治疗效果。
2.潜伏隐匿感染：部分微生物引起的尿道炎经抗生素治疗后，因药效和疗法的缺陷细菌将进入潜伏感染状态，在饮酒、劳累、精神紧张等因素可能诱使潜伏致病菌繁殖，从而出现症状，即尿道炎复发。
3.隐深部位的感染：（1）由于致病菌隐藏于组织深层，以及潜藏于尿道隐窝，尿道旁腺等部位，使得药物很难对其全面杀死，给康复留下了后患。（2）同时急性尿道炎有可能伴发前列腺炎，当尿道炎治疗后，仍可因来自前列腺的感染而复发。
4.并发症的影响：如若病情反复，长期炎性损害，造成尿路黏膜、肾盂肾盏受损、纤维化、变形，尿路梗阻、畸形影响了正常的尿液引流和治疗，都给尿道炎的治疗带来影响，使得传统的药物治疗疗效不佳，治疗更加困难。
5.免疫力低下：（1）同时有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、肿瘤、肝病、营养不良或其他慢性疾病，对尿道炎的治疗也造成很多困难。（2）这些患者在尿道炎的治疗中，一方面需要提高自身免疫力，另一方面需积极治疗原发病。