治疗婴儿消化不良的药物主要有消化酶制剂、微生态调节剂和中成药三类，具体选择需根据婴儿情况，同时母亲饮食也会影响婴儿消化功能，如有不适应及时就医。
通常用于治疗婴儿消化不良的药物有以下几类：
1.消化酶制剂：如胃蛋白酶散、胰酶肠溶胶囊等，能补充人体正常生理菌，调整肠道菌群。
2.微生态调节剂：如双歧杆菌三联活菌散、枯草杆菌二联活菌颗粒等，可纠正肠道菌群失调，抑制并清除肠道中致病菌。
3.中成药：具有消食化积、健脾开胃作用，如小儿消食片、小儿化食丸等。
需要注意的是，具体用药需要根据婴儿的年龄、症状等因素来选择，建议在医生的指导下使用。同时，母亲的饮食也会影响婴儿的消化功能，应避免食用过于油腻、辛辣或刺激性的食物。如果婴儿消化不良的症状持续时间较长或伴有其他不适，应及时就医。