咽拭子检查常用于检测呼吸道、消化道和其他疾病，包括病毒和细菌感染，如普通感冒、流感、新型冠状病毒肺炎、扁桃体炎、化脓性扁桃体炎、肺炎链球菌肺炎、手足口病、急性肠胃炎、白喉、猩红热等。但需注意，咽拭子检查结果不能确诊所有疾病，可能需结合其他检查综合判断，且检查后可能有不适，应稍作休息。
咽拭子一般检查以下几种疾病：
一、呼吸道疾病
1.病毒感染
（1）普通感冒
（2）流感
（3）新型冠状病毒肺炎
2.细菌感染
（1）扁桃体炎
（2）化脓性扁桃体炎
（3）肺炎链球菌肺炎
二、消化道疾病
1.病毒感染
（1）手足口病
2.细菌感染
（1）急性肠胃炎
三、其他疾病
1.白喉
2.猩红热
需要注意的是，咽拭子检查只是一种初步的诊断方法，不能确诊所有疾病。如果医生怀疑有其他疾病，可能会结合其他检查方法进行综合诊断。此外，咽拭子检查时可能会引起恶心、呕吐等不适，检查后应稍作休息，避免剧烈运动。