手指上长小水泡并伴有疼痛，可能是以下原因引起的：
1.汗疱疹：为一种手掌、足跖部的水疱性疾病。可能与精神紧张、手足多汗、真菌感染及变态反应等因素有关。夏季多见，水疱一般不自行破裂，干涸后形成脱皮，伴有不同程度的瘙痒及烧灼感。
2.手癣：由真菌感染引起，具有传染性。常单侧起病，开始为水疱，水疱干涸后会出现脱屑，并向四周扩大，伴有明显的瘙痒。
3.湿疹：病因尚不明确，可能与皮肤屏障功能受损、免疫异常、感染、神经精神因素等有关。表现为红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等多种形态，伴有瘙痒。
4.接触性皮炎：皮肤或黏膜接触某些外界物质后，在接触部位发生的炎症反应。可表现为红斑、丘疹、水疱，甚至大疱，伴有瘙痒或灼痛感。接触物去除后，症状可逐渐缓解。
5.其他：如手足口病、药物疹、带状疱疹等也可出现手指上长小水泡并伴有疼痛的症状。
如果手指上长小水泡并伴有疼痛，建议及时就医，明确诊断后，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意保持局部清洁，避免搔抓，避免接触刺激性物质。