性激素六项的基础内分泌检查最佳时间是月经来的第三天，此时检查可判断卵巢储备功能、反映基础内分泌状态，对了解女性基础内分泌和卵巢储备功能有重要意义，但其检查时间和项目应根据个人情况及医生建议确定。
性激素六项的最佳检查时间因检查目的不同而有所差异。对于基础内分泌的检查，最佳时间是月经来的第三天。
以下是对这个时间点进行检查的详细解释：
1.判断卵巢储备功能：在月经来的第三天，E2（雌二醇）的水平应小于50pg/ml。如果E2高于此值，提示卵巢储备不良。需要注意的是，在这个阶段，E2本身就是处于较低水平的，不能单纯依据E2的低值来判断雌激素是否不足。
2.反映基础内分泌状态：这个时间点可以较为准确地反映出女性的基础内分泌情况，包括FSH（卵泡刺激素）、LH（黄体生成素）、PRL（催乳素）、T（睾酮）、P（孕酮）等激素的水平。这些激素的水平变化对于评估女性的生殖系统功能、内分泌失调等问题具有重要的参考价值。
总之，月经来的第三天进行性激素六项检查，对于了解女性的基础内分泌状态和卵巢储备功能具有重要意义。但具体的检查时间和项目应根据个人的具体情况和医生的建议来确定。