怀孕40天自然流产孕囊掉出后，通常还需进行B超检查以确诊是否流干净，同时可通过观察出血情况和腹痛情况来辅助判断，必要时还需进行B超检查。
通常情况下，怀孕40天自然流产孕囊掉出，基本可认为是流干净了，但仍需进行B超检查以确诊。
自然流产后，医生一般会检查排出的孕囊是否完整，如果完整，再结合腹痛和出血情况，基本可判断是否已流干净。此外，还可以通过以下几个方面进一步确认：
1.出血情况：自然流产后通常会有阴道出血，出血量会逐渐减少，颜色由鲜红变为暗红，最后逐渐停止。如果出血时间过长、出血量过多或颜色异常，可能提示存在残留。
2.腹痛情况：流产后可能会有轻微的腹痛，但通常会逐渐减轻。如果腹痛持续加重或伴有发热，可能是感染或其他问题的表现。
3.B超检查：B超检查是确认流产是否干净的最准确方法。它可以观察子宫内是否有残留组织、子宫大小和形态是否正常等。
需要注意的是，自然流产后需要注意休息和护理，避免感染和过度劳累。医生通常会开一些药物，如抗生素和促进子宫收缩的药物，以帮助身体恢复。如果对流产后的情况有任何疑问或担忧，应及时咨询医生。
此外，如果自然流产后出现以下情况，应及时就医：
1.流产后出血过多，甚至出现休克症状。
2.腹痛剧烈，无法忍受。
3.发热、寒战等感染症状。
4.流产后长时间恶露不尽（持续超过2周）。
总之，自然流产后孕囊掉出并不代表一定流干净了，需要进行综合判断和进一步检查。如果有任何异常情况，应及时就医，以便及时处理，避免对身体造成更大的伤害。