医生可能会建议使用妈咪爱、合生元、培菲康等益生菌，胃蛋白酶合剂、多酶片等帮助消化的药物，思密达等黏膜保护剂，以及健儿消食口服液等中药来治疗新生儿消化不良。使用这些药物时需严格遵循医嘱，并注意调整喂养方式、腹部保暖，同时密切观察宝宝症状。
通常，对于新生儿消化不良，医生可能会建议使用以下药物：
1.益生菌：(1)妈咪爱：枯草杆菌二联活菌颗粒可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。(2)合生元：含嗜酸乳杆菌和双歧杆菌，这两种菌是人体健康不可缺少的有益菌，它们可定植在肠道黏膜上，促进肠道消化吸收，抑制肠道不良微生物的增殖。(3)培菲康：双歧杆菌三联活菌散能够补充人体肠道正常菌群，调整肠道菌群失调，对肠道功能起到双向调节作用，对感染性和非感染性腹泻均有效。
2.胃蛋白酶合剂：该药能使蛋白质分解为及胨和多肽，有助于消化，且能促进食欲。
3.多酶片：主要成分是胃蛋白酶和胰酶，能促进消化、增进食欲。
4.思密达：对消化道内的病毒、病菌及其产生的毒素有固定、抑制作用，对消化道黏膜还具有很强的覆盖保护能力，修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，具有平衡正常菌群和局部止痛作用。
5.健儿消食口服液：由黄芪、白术、麦冬、陈皮、黄芩、山楂、莱菔子等中药组成，能健脾益胃、理气消食，适用于小儿饮食不节损伤脾胃引起的纳呆食少、脘胀腹满、手足心热、自汗乏力、大便不调、以至厌食、恶食等症状。
以上药物的使用需要严格按照医生的建议进行，剂量和使用时间应根据患儿的具体情况而定。同时，家长还应注意以下几点：
1.调整喂养方式：对于母乳喂养的宝宝，妈妈应注意饮食清淡，避免食用油腻、辛辣等刺激性食物；对于人工喂养的宝宝，可适当稀释奶粉，并注意喂奶的时间和量。
2.注意腹部保暖：避免宝宝腹部受凉，可适当按摩腹部，以促进肠道蠕动。
3.观察宝宝的症状：如果宝宝消化不良的症状持续不缓解或出现其他异常症状，如呕吐、腹泻、发热等，应及时就医。
总之，对于新生儿消化不良，家长应密切关注宝宝的情况，如有需要，应及时就医，并在医生的指导下进行治疗。同时，家长还应注意调整喂养方式，注意腹部保暖，以帮助宝宝尽快恢复健康。