骨囊肿形成原因尚不明确，存在干骺端生长发育紊乱、原发性骨肿瘤的退变、低度感染引起的纤维性骨炎、钙代谢异常等多种假说，但都缺乏充分依据，目前对其发病原因及治疗的研究虽取得一定进展，但仍在继续。
骨囊肿形成的原因目前尚不明确，存在多种假说，但都缺乏充分依据。以下是对骨囊肿形成原因的一些假说：
1.干骺端生长发育紊乱：早期有人认为单纯性骨囊肿并非严格意义上的骨肿瘤，而是干骺端生长发育紊乱所导致。
2.原发性骨肿瘤的退变：有假说认为单纯性骨囊肿是原发性骨肿瘤的退变所致。
3.低度感染引起的纤维性骨炎：该假说认为低度感染引发纤维性骨炎，进而使纤维组织退变，可能导致骨囊肿的形成。
4.钙代谢异常：钙代谢异常可能使得骨质发生变化，骨质梗死吸收退变进一步形成骨囊肿。
对于单纯性骨囊肿的发病原因及治疗，目前仍在不断研究中，且已取得了一定的进展。