颌骨囊肿主要由牙源性囊肿（包括发育性的牙板上皮剩余、缩余釉上皮、Mzlassez 上皮剩余形成的囊肿及炎症性的根端囊肿）和病因复杂的非牙源性囊肿组成，其主要是上皮剩余、增生且中间发生液化形成的非肿瘤性肿物，多数为牙源性上皮剩余所致的牙源性囊肿。
颌骨囊肿的形成原因主要有以下几点：
1.牙源性囊肿：
发育性：
牙板上皮剩余：可发生发育型根侧囊肿和牙龈囊肿。
缩余釉上皮：会形成含牙囊肿、萌出囊肿以及牙旁囊肿。
Mzlassez上皮剩余：可导致根尖周囊肿、残余囊肿和牙旁囊肿。
炎症性：最常见的颌骨囊肿是根端囊肿，是牙尖根部的肉芽肿在炎性刺激下引起的牙周膜上皮增生，增生的上皮团中央发生变性与液化，由上皮炎症所致。
2.非牙源性囊肿：病因较为复杂，可能与胚胎发育过程中的异常、创伤、感染等因素有关。
总的来说，颌骨囊肿主要是由于上皮剩余、增生，中间发生液化而形成的一种非肿瘤性肿物。其中，大多数颌骨囊肿是来源于牙源性上皮剩余的牙源性囊肿。