治疗生殖器疱疹的药物主要有以下几类：
1.抗病毒药物：如阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦等，这类药物可以抑制病毒的复制，减轻症状，缩短病程。
阿昔洛韦：是一种嘌呤核苷类似物，对疱疹病毒有高度选择性的抑制作用。口服吸收差，生物利用度低，需频繁给药。
伐昔洛韦：是阿昔洛韦的前体药物，口服后在体内迅速转化为阿昔洛韦，生物利用度高，作用时间长，给药次数少。
泛昔洛韦：也是一种鸟嘌呤核苷类似物，对疱疹病毒的作用机制与阿昔洛韦相似，口服吸收好，生物利用度高。
2.膦甲酸钠：一种广谱抗病毒药物，对疱疹病毒、乙肝病毒、丙肝病毒等均有抑制作用。主要用于治疗艾滋病患者的疱疹病毒感染和免疫功能低下者的疱疹病毒感染。
3.干扰素：具有抗病毒、免疫调节和抗增殖作用。可用于治疗生殖器疱疹，也可用于预防生殖器疱疹的复发。
4.局部外用药物：如炉甘石洗剂、阿昔洛韦乳膏等，可用于缓解生殖器疱疹的症状。
需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，同时注意个人卫生，避免不洁性行为。对于频繁复发或病情严重的患者，可考虑长期抑制疗法。此外，孕妇和哺乳期妇女应慎用抗病毒药物。