酒精杀菌消毒的原理是使蛋白质变性。酒精具有较强的渗透能力，能够钻入细菌内部，使组成细菌的蛋白质凝固，从而将细菌杀死。
酒精能够消毒是因为它可以吸收细菌蛋白的水分，使其脱水、变性凝固，从而达到杀灭细菌的目的。值得注意的是，酒精的浓度不同，其杀菌效果也不尽相同。95%的酒精能将细菌表面包膜的蛋白质迅速凝固，并形成一层保护膜，阻止酒精进入细菌体内，因而不能将细菌彻底杀死。如果酒精浓度低于70%，虽可进入细菌体内，但不能将其体内的蛋白质凝固，同样也不能将细菌彻底杀死。只有70%-75%的酒精即能顺利地进入到细菌体内，又能有效地将细菌体内的蛋白质凝固，因而可彻底杀死细菌。
酒精的杀菌作用是比较强的，日常生活中，常见的一些医疗器械，如体温计、血压计等，在使用之前都需要用酒精进行消毒。此外，在新型冠状病毒肺炎疫情期间，酒精也常被用于消毒双手和皮肤，以预防病毒感染。
需要注意的是，酒精是一种易燃液体，使用时应远离明火，防止发生火灾。同时，酒精不能与其他消毒剂混合使用，以免产生有毒气体。对于酒精过敏的人群，应避免接触酒精。在使用酒精消毒时，应注意通风，避免酒精浓度过高引起中毒。