怀孕后月经第二天来了可能是以下原因：
1.生化妊娠：精卵结合后一般会在7天左右着床，此时受精卵滋养层形成并分泌微量的HCG，着床后1天可以在外周血中检测到HCG，之后每1.7-2天上升1倍。如果HCG增长不理想，比如翻倍不好或者缓慢上升，提示可能存在宫外孕或者胚胎发育不良。这种情况下，受精卵无法着床成功，子宫内膜会脱落，从而出现月经来潮，即生化妊娠。生化妊娠一般发生在妊娠5周内，超声检查看不到孕囊，现在医学上称其为“亚临床流产”。
2.先兆流产：怀孕后如果出现先兆流产，也会表现为阴道少量流血，常为暗红色或血性白带，妇科检查宫颈口未开，胎膜未破，子宫大小与停经周数相符。经过休息及治疗后，部分孕妇可以继续妊娠，如果阴道流血量增多或下腹部疼痛加剧，可能会发展为难免流产。
3.难免流产：指流产不可避免，一般由先兆流产发展而来，此时阴道流血量增多，阵发性下腹部疼痛加剧，部分孕妇排出胚胎组织。妇科检查宫颈口已扩张，有时可见胚胎组织堵塞于宫颈口内。
4.不全流产：难免流产如果没有及时清宫处理，部分妊娠组织可能会残留于宫腔内，影响子宫收缩，导致阴道出血时间长、出血量多，甚至引起贫血、感染等。
5.完全流产：如果胚胎完全排出，子宫收缩良好，阴道出血会逐渐停止，腹痛逐渐缓解。
需要注意的是，以上只是一些可能的原因，具体情况需要结合个人的具体情况、检查结果等综合判断。如果怀孕后出现阴道流血，建议及时就医，进行相关检查，如血HCG、孕酮、B超等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。