医生建议的 Y 染色体检查对明确男性不育是否存在 Y 染色体微缺失这一病因有重要意义，其费用在几百元到上千元不等且各地医院收费标准有差异，该检查虽可在一定程度上帮助确定病因，但男性不育原因可能多方面，还需进一步检查其他因素以全面了解并制定治疗方案。
对于是否要查Y染色体以及相关费用和能否确定病因的问题，答案如下：
如果医生建议进行Y染色体检查，是有必要的。Y染色体微缺失是导致男性不育的一个重要因素，通过检查可以明确是否存在这方面的问题，为后续的治疗提供依据。
关于检查费用，不同地区、不同医院的收费标准可能会有所差异，一般来说，Y染色体检查的费用在几百元到上千元不等。建议患者在进行检查前，咨询当地医院的具体收费情况。
Y染色体检查在一定程度上可以帮助确定病因。对于男性不育患者，精子浓度异常且怀疑有遗传因素的情况下，Y染色体微缺失是一个重要的排查方向。如果检查结果显示存在Y染色体微缺失，那么可以明确这是导致不育的一个原因。但需要注意的是，男性不育的原因可能是多方面的，Y染色体微缺失只是其中之一，可能还需要进一步检查其他方面的因素，如精子形态、激素水平等，以全面了解不育的原因，并制定相应的治疗方案。