在耳骨上打耳洞比耳垂上打耳洞疼，耳垂内无软骨且感觉神经分布少，而耳廓有密集神经感觉灵敏，此外打耳洞方法不同疼痛程度有别，且打耳洞时要注意无菌操作避免感染导致疼痛明显。
在耳骨上打耳洞比在耳垂上打耳洞疼。原因如下：
1.耳垂部打耳洞疼痛感轻微，因为其内没有软骨，感觉神经分布少。
2.耳廓上打耳洞会更疼，耳廓前部有耳颞神经、迷走神经耳支，后部有迷走神经耳支、枕小神经、耳大神经等，这些密集的神经使耳廓感觉灵敏。
3.打耳洞的方法不同，疼痛程度也不一样。电穿孔法、外科穿孔法疼痛程度相对较轻，而“耳钉枪”穿孔法、激光穿孔法、老办法等疼痛程度会稍重些。
4.打耳洞时要注意无菌操作，避免感染。若感染，治疗时局部疼痛会很明显。