精子头部畸形率高的原因包括内分泌异常、睾丸功能发育异常、其他疾病因素（如染色体异常或精索静脉曲张）、泌尿生殖系统感染、不良生活习惯（如吸烟、酗酒）以及外界因素（如化学药物、抗癌药物、射线）等。
精子头部畸形率高的原因主要有以下几种：
1.内分泌异常：下丘脑垂体性腺轴上的某些疾病会导致性激素分泌异常，男性生殖功能的激素分泌不足，直接影响曲细精管内精子的生成过程，致使精子畸形率升高。
2.睾丸功能发育异常：睾丸发育不良、隐睾等情况会损害睾丸功能，进而影响精子质量，使精子畸形率上升。
3.其他疾病因素：染色体异常或精索静脉曲张等疾病会导致睾丸功能受损，从而引起精子畸形率升高。
4.泌尿生殖系统感染：睾丸炎、附睾炎、精囊炎、前列腺炎等炎症会使男性畸形精子率提高。
5.不良生活习惯：吸烟、酗酒会对男子精子的畸形率产生影响。
6.外界因素：化学药物、抗癌药物、射线等也会导致男子精子的畸形率升高。