头痛时做CT还是磁共振检查，需要根据具体情况来决定。以下是一些分析：
1.病因：CT对颅内结构的分辨力较高，适用于检查颅内有无结构性病变，如脑出血、脑梗死、颅内肿瘤等。磁共振对软组织的分辨力更高，可用于检查脑部的炎症、脱髓鞘病变、血管畸形等。因此，如果头痛是由头部外伤、脑血管意外等引起，CT检查可能更为合适；如果头痛是由脑炎、脑膜炎、多发性硬化等引起，磁共振检查可能更有帮助。
2.症状：如果头痛伴有局灶性神经功能缺损，如偏瘫、失语、感觉异常等，磁共振检查可能更有助于明确病因。如果头痛伴有恶心、呕吐、颈项强直等脑膜刺激征，CT检查可能更有助于排除颅内感染、蛛网膜下腔出血等疾病。
3.病史：如果头痛是首次发作，或者头痛的性质、程度、发作频率等与以往不同，需要进行全面的检查，包括CT和磁共振。如果头痛已经有明确的病因，如高血压、偏头痛、紧张性头痛等，可能只需要进行针对性的检查。
4.其他因素：磁共振检查时间较长，噪音较大，对幽闭恐惧症患者可能不太适合。此外，磁共振检查体内有金属植入物的患者可能受限。如果患者身体状况较差，不能耐受磁共振检查，也可以选择CT检查。
综上所述，头痛时做CT还是磁共振检查，需要综合考虑病因、症状、病史等多种因素。在医生的建议下，选择最合适的检查方法。如果对检查结果有疑问或担忧，应及时与医生沟通。