头疼时，CT和磁共振（MRI）都是常用的影像学检查方法，但它们各有优缺点，适用于不同的情况。以下是一些建议：
1.病史和症状：医生会首先询问头疼的特点、发作频率、加重或缓解因素等。如果头疼是新近发生、伴有神经系统症状（如麻木、无力、言语不清、抽搐等）、外伤后出现、或者原因不明，磁共振可能更有帮助。但如果头疼已经存在一段时间，且没有其他特殊症状，CT可能是首先的检查。
2.排除脑出血：如果怀疑有脑出血，CT是快速、敏感的检查方法，可以在短时间内发现是否有颅内出血。磁共振对于诊断脑出血的准确性相对较低，但在某些情况下，如CT结果不明确或怀疑有微小出血时，磁共振可能提供更多信息。
3.检测结构性病变：磁共振在检测脑部结构异常方面具有更高的分辨率，可以发现肿瘤、脑积水、脑白质病变等。如果头疼是由这些结构性问题引起的，磁共振可能更适合。然而，CT也可以检测一些较大的脑部病变，如脑梗死、颅骨骨折等。
4.评估血管情况：磁共振血管造影（MRA）和CT血管造影（CTA）可用于评估脑部血管的情况，如是否有动脉瘤、血管狭窄等。对于一些血管性头疼或怀疑有血管问题的患者，这些检查可能是必要的。
5.其他因素：医生还会考虑患者的年龄、健康状况、过敏史等因素。例如，对碘造影剂过敏的患者可能无法进行CTA检查。
综上所述，头疼时选择做CT还是磁共振，应根据具体情况而定。在医生的建议下，结合病史、症状和其他检查结果，选择最适合的检查方法。有时可能需要进行多种检查或进一步评估，以明确头疼的原因并制定合适的治疗方案。
需要注意的是，以上内容仅供参考，具体检查选择应根据患者的具体情况和医生的建议进行。在进行任何检查前，患者应与医生充分沟通，了解检查的目的、风险和注意事项。如果对头疼的原因和治疗有任何疑问，应及时咨询医生。