新生儿纯母乳喂养时大便有臭味可能是正常的生理现象，也可能是消化不良或其他因素引起，如母亲饮食、疾病等。如果臭味持续时间较长或伴有其他不适症状，建议及时就医。同时，母亲应注意饮食，注意新生儿护理。
通常，新生儿纯母乳喂养时，大便应该是黄色或金黄色的，软膏状，没有明显的臭味。但有些新生儿的大便会有一些臭味，这可能是由以下原因引起的。
1.正常的生理现象
(1)新生儿的肠道功能尚未完全发育成熟，肠道中的细菌种类和数量还不稳定，可能会导致大便的气味发生变化。
(2)母乳中含有一些寡糖，这些寡糖在肠道中被细菌发酵后，会产生一些异味。
(3)新生儿的消化系统对母乳中的脂肪和蛋白质的消化吸收不完全，也会导致大便的气味加重。
2.消化不良
如果新生儿的大便次数增多、质地稀薄、有异味，同时伴有腹胀、呕吐、食欲不振等症状，可能是消化不良引起的。这可能是由于母乳中的某些成分不能被新生儿完全消化吸收，或者是由于新生儿的消化系统出现了问题。
3.其他因素
(1)如果母亲食用了一些辛辣、刺激性食物，或者是含有较多脂肪的食物，可能会通过母乳影响新生儿的大便气味。
(2)如果新生儿没有及时更换尿布，大便在肠道中停留时间过长，也会导致大便的气味加重。
(3)如果新生儿患有一些疾病，如肠道感染、乳糖不耐受等，也会导致大便的气味异常。
如果新生儿的大便气味异常持续时间较长，或者伴有其他不适症状，建议及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。同时，母亲在哺乳期应注意饮食清淡，避免食用辛辣、刺激性食物和高脂肪食物，注意新生儿的护理，及时更换尿布，保持臀部清洁干燥。