怀孕两周时同房是否会对胎儿有影响，需要根据具体情况进行分析，具体如下：
1.一般不会有影响：怀孕两周时，受精卵刚刚着床，胚胎还很小，此时同房，一般不会对胎儿造成太大的影响。
2.可能会有影响：如果在同房时动作过于剧烈，或者女性本身存在一些疾病，如宫颈炎、阴道炎等，可能会导致子宫收缩，增加流产的风险。此外，如果同房时没有注意卫生，还可能引起感染，对胎儿的发育产生不利影响。
3.不确定：有些情况下，即使同房时动作轻柔，也可能会对胎儿产生影响，因为胚胎的发育情况是一个动态的过程，需要通过后续的产检来密切监测。
需要注意的是，在怀孕的前三个月和后三个月，应尽量避免同房，因为这两个时期胎儿发育不稳定，同房可能会增加流产或早产的风险。在怀孕期间，应注意休息，避免过度劳累，保持良好的生活习惯，同时按照医生的建议进行产检，以确保胎儿的健康发育。
此外，如果在同房后出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医，进行相关检查，以排除先兆流产等问题。同时，在怀孕期间，应注意个人卫生，避免感染，保持心情愉悦，避免紧张、焦虑等不良情绪。