注射干扰素的副作用主要有流感样症状（发烧、头痛等，发热通常在1个月内）、一过性骨髓抑制（中性粒细胞下降，严重时需用药）、精神异常、引发自身抗体和自身免疫性疾病、影响甲状腺功能（多数不影响治疗，少数血糖升高）以及肾脏损害、心血管方面、听力下降、视网膜病变、间质性肺炎等其他不良反应，用药前应进行充分检查，用药过程中需密切观察。
注射干扰素的副作用主要包括以下几个方面：
1.流感样症状：可能出现发烧、头痛等，发热时间通常在1个月以内。
2.一过性骨髓抑制：主要表现为中性粒细胞下降。当中性粒细胞绝对计数小于“1”时，需口服升白细胞药物；若中性粒细胞计数低于0.75，最好注射升白细胞针。
3.精神异常：包括失眠、抑郁、妄想症、重度焦虑以及精神病等。
4.引发自身抗体和自身免疫性疾病：抗核抗体可呈强阳性。
5.影响甲状腺功能：可导致甲状腺功能亢进或甲状腺功能下降，多数情况下不影响治疗；少数人会出现血糖升高。
6.其他不良反应：
肾脏损害：如出现蛋白尿等。
心血管方面：可能出现心律不齐、缺血性心脏病。
听力下降、视网膜病变、间质性肺炎等。在用药前应进行充分检查，如查血常规、血糖、甲状腺功能及抗体、自身抗体、眼科会诊、心肺检查等。对于可能存在视网膜病变的患者，治疗前应找眼科医生检查眼底，若有问题则不使用干扰素。用药过程中需密切观察这些不良反应。