近视眼激光手术后遗症主要有干眼症（可在术后 3 - 6 个月左右通过点药恢复）、屈光回退（与个体差异有关，回退后可戴眼镜或视情况二次手术）、眩光及夜间视力差（会逐渐减轻并恢复）、感染（术前需严格检查并按程序操作）、圆锥角膜（属先天性疾病，术前检查要严格把关，出现后矫正困难）。
近视眼激光手术后遗症主要有以下几种：
1.干眼症：现在干眼症较为普遍，即使不做手术，长时间看电视、电脑、手机也可能导致干眼症。近视眼手术后可能会加重干眼症，甚至原本没有干眼症的人也可能患病，但并非所有人术后都会出现干眼症。手术引起的干眼症一般可在36个月左右通过点药恢复。
2.屈光回退：这与个体差异有关。屈光回退是指术后一段时间又出现近视，有些人术后视力保持良好，而有些人在术后几个月甚至12年后会再次近视。近视度数较高的人，回退几率相对较大。回退后可戴眼镜，若角膜厚度足够，也可进行第二次手术。
3.眩光、夜间视力差：部分患者在晚上看对面来车时，可能会感觉光晕较大，对开车有一定影响，但这种情况会随着时间推移逐渐减轻并恢复。随着准分子激光机器的不断更新，这种并发症也在逐渐减少。
4.感染：这是非常严重的并发症，任何手术都存在感染风险。因此，术前需严格检查，术前一般使用3天消炎药，眼内要点够消炎药后再手术，术中也要严格按照手术程序进行消毒等操作。
5.圆锥角膜：这是较为麻烦的并发症，属于先天性疾病。术前检查时一定要严格把关，若发现相关因素则不应进行手术。有些圆锥角膜在检查时可能未表现出来，但手术后可能会加速其发展。一旦出现圆锥角膜，矫正较为困难，轻者需戴RGP眼镜，严重者可能需要做角膜移植。所以，要严格控制手术的适应证。