公司入职体检一般只查肝功能（包括转氨酶水平、胆红素水平及是否有低蛋白血症），不查乙肝两对半，国家规定除特殊行业外禁止在入职体检中强制检查乙肝两对半，具体体检项目需根据公司要求和当地法律法规确定。
公司入职体检一般只查肝功能，不查乙肝两对半。肝功能检查主要包括转氨酶的水平、胆红素的水平以及是否有低蛋白血症的发生。转氨酶主要看谷丙转氨酶和谷草转氨酶，若这两项增高，提示病人有明显的肝功能损害，需积极进行降低转氨酶的治疗。胆红素水平升高，则表明病人存在严重的胆红素功能障碍，需根据胆红素具体哪一项升高的水平来判断病因。
而乙肝两对半是用于检测是否感染乙肝病毒及感染的具体情况的项目，包括乙肝表面抗原、乙肝表面抗体、乙肝e抗原、乙肝e抗体、乙肝核心抗体五项。一般来说，公司入职体检的目的是了解员工的基本健康状况，是否能够胜任工作，肝功能检查是其中的一项重要内容。但国家有相关规定，禁止在入职体检中强制检查乙肝两对半，除非是特殊行业，如食品、幼教等。所以，普通公司的入职体检通常只检查肝功能，不会检查乙肝两对半。当然，具体的体检项目还需根据公司的要求和当地的法律法规来确定。