肛门里面有小肉疙瘩且伴有疼痛，可能是痔疮、肛周脓肿、肛瘘、表皮样囊肿等原因引起，发现这种情况应及时就医，通过肛门指诊、肛门镜检查等明确诊断并采取相应治疗措施。
如果肛门里面有个小肉疙瘩且伴有疼痛，可能是以下几种情况：
1.痔疮：这是较为常见的原因。外痔形成血栓或内痔脱出时，会在肛门处出现小肉疙瘩。外痔血栓形成时，疙瘩通常较为疼痛，可伴有肛门周围的肿胀。内痔脱出如不能及时回纳，也会引起疼痛和不适感。
2.肛周脓肿：这是由于肛门周围腺体感染引起的。脓肿形成后，可在肛门周围触及疼痛性的肿块，随着病情发展，疼痛会逐渐加重，可能还会伴有发热等全身症状。
3.肛瘘：肛瘘是肛周脓肿的后遗症，通常表现为肛门周围的瘘口，有时可在瘘口周围摸到小肉疙瘩，按压时会有分泌物流出，同时可能伴有疼痛。
4.表皮样囊肿：这是一种良性的皮肤肿瘤，好发于肛门周围。囊肿较大时可在肛门内形成小肉疙瘩，若发生感染或压迫周围组织，可引起疼痛。
当发现肛门内有小肉疙瘩并伴有疼痛时，应及时就医，进行详细的检查，如肛门指诊、肛门镜检查等，以明确诊断，并根据具体情况采取相应的治疗措施。