多重耐药菌（MDR）指一个细菌对三类或三类以上药物同时产生耐药，常见的有 MRSA、VRE、ESBLs 细菌、CRE、CR - AB、MDR/PDR - PA 等，存在多重耐药菌高危因素的患者如住过 ICU 的重症病人等，近期内可能反复多次应用广谱抗生素且可能患有脏器功能损害，应用抗生素尤其是广谱抗生素时更易出现多重耐药菌情况，这是临床治疗难点且发病率日益增高。
常见的多重耐药菌主要有耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）、耐万古霉素肠球菌（VRE）、产超广谱β内酰胺酶（ESBLs）细菌、耐碳青霉烯类抗菌药物肠杆菌科细菌（CRE）、耐碳青霉烯类抗菌药物鲍曼不动杆菌（CRAB）、多重耐药/泛耐药铜绿假单胞菌（MDR/PDRPA)等。
多重耐药菌是指一个细菌对三类或三类以上的药物同时产生耐药的情况，简称MDR。这里的三类指的是三类药物，而非同一类药物中的三种。例如，患者对碳青霉烯类、氟喹诺酮类、大环内酯类等三类或三类以上的药物有耐药情况，就可被认定为多重耐药菌。
存在多重耐药菌高危因素的患者，近期内可能反复多次应用广谱抗生素，且可能患有脏器功能损害。例如，住过ICU的重症病人、使用呼吸机和插管的患者、长期应用激素的患者、肿瘤病人、长期使用免疫抑制剂的病人以及脏器移植病人等。这些患者在应用抗生素，尤其是广谱抗生素时，更容易出现多重耐药菌的情况。这是当前临床治疗的难点之一，也是发病率日益增高的问题。