CT 和磁共振在成像原理、对软组织的分辨率、检查适用范围、检查速度及检查限制等方面有很大区别，CT 主要利用 X 线成像，检查速度快，对肺部、小的撕脱性骨折等检查更优，但有辐射；磁共振利用磁场成像，无辐射，对软组织分辨率高，但检查速度较慢且有磁场限制，在看肺部等方面不如 CT 。
CT和磁共振有很大的区别：
1.成像原理不同：CT主要利用X线成像，而磁共振是利用磁场。人体本身有磁场，外加一个强磁场并给予射频脉冲，使人体产生磁场，小磁场产生共振，且不存在X线，也就没有辐射。
2.对软组织的分辨率：磁共振对软组织的分辨率比CT高，对于软组织成分的检查，磁共振更有价值。
3.检查的适用范围：磁共振在看肺部、小的撕脱性骨折等方面不如CT。肺部疾病通常采用胸部CT检查，只有在特殊病例中才可能会使用磁共振。
4.检查速度：磁共振检查速度较慢，每天能检查的病人数相对有限，因此做CT会更快，而磁共振需要预约较长时间。
5.检查的限制：磁共振室有巨大磁场，凡是带有金属有磁性的东西都不能进入，如带有呼吸机、心电监护等抢救设备的病人，很多并不适合做磁共振。