巧克力囊肿的根治方法是根治性手术，治疗手段需根据患者年龄和生育要求个体化选择，如年龄大、无生育要求者可行子宫及双侧附件切除；年纪轻、症状重但无生育要求者可行保留卵巢功能手术并配合药物辅助治疗；有生育要求的轻度患者可先药物治疗，且该病由月经期子宫内膜逆流进入盆腔至卵巢表面形成，药物治疗和保守性手术复发率较高，绝经后一般不再生长。
巧克力囊肿的根治方法是根治性手术，但治疗手段需根据患者年龄和有无生育要求进行个体化选择。
对于年龄大、无生育要求的患者，可行根治性手术，即将子宫及双侧附件切除，这样可以彻底去除病灶，避免复发。
年纪轻、症状重但无生育要求的患者，可行保留卵巢功能手术，切除异位内膜病灶，同时保留卵巢。术后可配合药物辅助治疗，以降低复发风险。
对于有生育要求的轻度患者，可先采用药物治疗，调节激素水平，抑制囊肿生长，为受孕创造条件。
需要注意的是，巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种病变，月经期脱落的子宫内膜逆流进入盆腔到达卵巢表面形成。药物治疗和保守性手术的复发率较高，而绝经后，由于激素水平的变化，巧克力囊肿一般不会再生长。