宝宝囟门有点大的主要原因包括生理因素（个体差异致囟门闭合时间较晚）、缺钙（影响骨骼及囟门闭合）、脑积水（颅内压力增高影响囟门闭合，若头颅CT和腰椎穿刺脑脊液检查没问题可基本排除）、甲状腺功能减退（影响生长发育致囟门闭合延迟），虽相关检查没问题，但仍需密切观察孩子其他发育情况，出现异常及时就医。
宝宝囟门有点大的主要原因如下：
1.生理因素：宝宝的囟门在出生后的一段时间内会逐渐闭合。在正常情况下，前囟门在出生时约为1.02.0厘米，随着宝宝的生长发育，囟门会逐渐缩小，一般在11.5岁时闭合。如果宝宝的囟门闭合时间较晚，可能会出现囟门有点大的情况，这可能是个体差异导致的生理现象。
2.缺钙：宝宝缺钙时，可能会影响骨骼的发育，包括囟门的闭合。缺钙可能导致囟门闭合延迟，使囟门看起来有点大。
3.脑积水：脑积水是指颅内脑脊液过多，可能会导致颅内压力增高，从而影响囟门的闭合。但如果已经做过头颅CT和腰椎穿刺脑脊液检查都没有问题，那么这种可能性就可以基本排除。
4.甲状腺功能减退：甲状腺功能减退可能会影响宝宝的生长发育，包括骨骼的发育，从而导致囟门闭合延迟，出现囟门有点大的情况。
需要注意的是，虽然头颅CT和腰椎穿刺脑脊液检查没有问题，但仍需密切观察孩子的其他体格发育和智力发育情况。如果出现异常症状，应及时就医进行进一步的检查和治疗。