细菌性结膜炎常用妥布霉素滴眼液等抗生素类药物治疗，早期应高频率点眼，症状减轻后逐渐降低点眼频率，治疗期间要做好隔离工作，注意个人和集体卫生，防止疾病传播。
细菌性结膜炎常用的眼药水包括妥布霉素滴眼液、盐酸左氧氟沙星滴眼液、阿奇霉素滴眼液、加替沙星滴眼液、红霉素眼膏等。
对于细菌性结膜炎的治疗，建议及早使用敏感的抗生素类药物来控制炎症。在疾病早期，症状较为明显时，点眼的频率应尽量高，每12个小时点眼一次。随着症状的减轻，可逐步降低点眼的频率，直至疾病完全恢复正常。
需要注意的是，细菌性结膜炎具有传染性。在治疗与恢复期间，必须做好隔离工作，以避免接触传染。在日常生活中，要注意个人卫生和集体卫生，不要用手揉眼，应单独准备脸盆、毛巾，切勿与他人混用，这样才能防止疾病的传播。