停经40天B超看不到孕囊可能是受孕时间较短、宫外孕、孕囊发育不良或其他因素所致，医生可能会建议进行血HCG检测、孕酮检测、阴道超声等检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
停经40天B超看不到孕囊可能是以下原因：
1.受孕时间较短：受精卵可能还没有到达子宫腔，或者孕囊还太小，B超无法检测到。
2.宫外孕：孕囊可能在子宫外着床，如输卵管、卵巢等，这种情况下B超也无法看到孕囊。
3.孕囊发育不良：孕囊可能存在发育问题，如胎停育等，导致B超无法看到孕囊。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等也可能影响孕囊的显示。
需要注意的是，停经40天看不到孕囊并不一定意味着存在问题，医生可能会建议进行进一步的检查，如血HCG检测、孕酮检测、阴道超声等，以确定孕囊的位置和发育情况。如果血HCG翻倍良好，且没有腹痛、阴道流血等异常症状，可以在一周后复查B超。如果血HCG翻倍不好，或者出现腹痛、阴道流血等异常症状，需要高度警惕宫外孕的可能，应及时就医，进行进一步的检查和治疗。
此外，在等待复查的过程中，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，如有异常应及时就医。