停经40天B超看不到孕囊可能是正常情况，也可能是宫外孕或胎停育等异常情况，还可能是其他因素影响孕囊着床和发育。医生会根据具体情况进行复查B超、血HCG检测等进一步检查，并给出相应的建议和处理方案。
停经40天B超看不到孕囊可能有以下几种情况：
一、正常情况
1.受孕时间较短：受精卵可能还没有着床到子宫内，或者着床时间较短，B超还无法检测到孕囊。
2.月经不规律：如果女性的月经周期不规律，排卵时间推迟，那么受孕时间也会相应推迟，B超看到孕囊的时间也会延迟。
3.孕囊太小：孕囊太小，B超难以检测到。
二、异常情况
1.宫外孕：受精卵着床在子宫以外的部位，如输卵管、卵巢、腹腔等，B超看不到孕囊。
2.胎停育：孕囊停止发育，B超无法看到胎心搏动。
3.其他：子宫畸形、子宫肌瘤、子宫内膜异位症等也可能影响孕囊的着床和发育。
三、进一步检查和处理
1.复查B超：建议在停经56周后再次进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.血HCG检测：通过检测血液中的人绒毛膜促性腺激素（HCG）水平，可以判断孕囊的发育情况。
3.其他检查：如果怀疑有宫外孕或其他异常情况，可能需要进行腹腔镜检查、孕酮检测等进一步检查。
4.医生建议：根据检查结果，医生会给出相应的建议和处理方案。
需要注意的是，停经40天B超看不到孕囊并不一定意味着有问题，也可能是正常情况。但是，医生会密切关注孕囊的发育情况，并根据具体情况进行进一步的检查和处理。如果有任何疑问或担忧，建议及时与医生沟通。