停经40天B超看不到孕囊可能是受孕时间较短、宫外孕、胚胎发育不良或其他因素导致，医生可能会建议进行血HCG检测、孕酮检测、阴道超声等检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
停经40天B超看不到孕囊可能是以下原因造成的：
1.受孕时间较短：孕囊可能还未发育到可以通过B超检测到的大小。
2.宫外孕：孕囊可能着床在子宫外，如输卵管、卵巢等部位，B超无法在子宫内看到孕囊。
3.胚胎发育不良：孕囊内的胎芽和胎心搏动可能尚未形成，或者孕囊已经停止发育。
4.其他因素：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫病变，或内分泌失调、免疫系统问题等也可能影响孕囊的发育和着床。
需要注意的是，停经40天看不到孕囊并不一定意味着存在问题，医生可能会建议进行进一步的检查，如血HCG检测、孕酮检测、阴道超声等，以确定孕囊的位置和发育情况。如果确诊为宫外孕，需要及时治疗，以避免发生危险。如果孕囊发育不良或胎停育，医生可能会建议进行清宫手术。
在等待检查结果和进一步治疗的过程中，孕妇应保持良好的心态，注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果出现阴道流血、腹痛等异常情况，应及时就医。同时，孕妇应遵循医生的建议，按时进行产前检查，以确保自身和胎儿的健康。