停经41天B超看不到孕囊，可能是由于怀孕时间较短、宫外孕、孕囊发育不良或子宫病变等原因引起。医生通常会建议进行血HCG检测、孕酮检测、B超复查等进一步检查，以确定孕囊的位置和发育情况。如有疑问或担忧，应及时与医生沟通。
停经41天B超看不到孕囊的原因可能有以下几点：
1.（一）怀孕时间较短：停经41天可能实际受孕时间较短，孕囊还没有发育到可以通过B超看到的大小。
2.（二）宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，俗称宫外孕。宫外孕时，孕囊可能会在输卵管、卵巢等部位着床，B超也无法在子宫内看到孕囊。
3.（三）孕囊发育不良：孕囊本身发育不良，可能会导致其在停经41天时还无法通过B超看到。
4.（四）其他：子宫肌瘤、子宫内膜息肉等子宫病变，也可能会影响孕囊的显示。
需要注意的是，停经41天B超看不到孕囊并不一定意味着存在问题，可能是由于怀孕时间较短等原因导致的。医生会根据具体情况进行进一步的检查和评估，如血HCG检测、孕酮检测、B超复查等，以确定孕囊的位置和发育情况。
如果对检查结果有疑问或担忧，建议及时与医生沟通，遵循医生的建议进行进一步的检查和治疗。同时，在等待检查结果的过程中，应注意休息，避免剧烈运动和性生活，如有异常情况应及时就医。