停经41天B超看不到孕囊，可能是停经时间较短，也可能是宫外孕、孕囊发育不良或存在其他影响孕囊着床和发育的因素，医生会进行进一步检查和诊断，确定孕囊情况并制定相应治疗方案。
停经41天B超看不到孕囊的原因可能有以下几点：
1.(一)停经时间较短：孕囊可能还未发育到可以通过B超检测到的大小。
2.(二)宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢、腹腔等，B超检查时可能看不到孕囊。
3.(三)孕囊发育不良：孕囊本身存在问题，如染色体异常、发育缓慢等，导致B超无法检测到。
4.(四)其他因素：子宫内膜过薄、子宫肌瘤、宫腔粘连等也可能影响孕囊的着床和发育，导致B超看不到孕囊。
需要注意的是，停经41天B超看不到孕囊并不一定意味着存在问题，医生会根据具体情况进行进一步的检查和诊断，如血HCG检测、孕酮检测、阴道超声等，以确定孕囊的位置和发育情况。如果怀疑宫外孕，需要密切观察病情，及时进行治疗。如果孕囊发育不良，可能需要进行流产手术。如果是其他因素导致的看不到孕囊，医生会根据具体情况制定相应的治疗方案。
在等待检查结果和进一步治疗的过程中，孕妇应保持良好的心态，注意休息，避免剧烈运动和性生活。如果出现腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就医。