在精子畸形率高达99%的情况下自然怀孕，可能会增加早期流产、影响胚胎发育、增加胎儿出生缺陷风险、使孕妇患并发症的风险提高，还可能对后续孕育过程产生影响。但具体影响需根据个体差异和其他因素来判断。
通常情况下，精子畸形率99%的情况下自然怀孕，会对胎儿和孕妇造成以下影响：
1.容易引发早期流产：精子畸形率高，受精时的可靠性会较差，会影响受精卵的质量。在怀孕早期，受精卵着床还不够稳定，容易发生流产。
2.影响胚胎发育：即使受精卵成功着床，精子畸形也可能影响胚胎的发育。胎儿可能会出现发育迟缓、畸形等问题。
3.增加胎儿出生缺陷的风险：精子畸形可能导致染色体异常或其他遗传问题，增加胎儿出生缺陷的风险。常见的出生缺陷包括神经管缺陷、心脏缺陷等。
4.孕妇并发症的风险：在怀孕期间，孕妇患并发症的风险可能会增加，如妊娠期高血压、糖尿病等。
5.孕育困难：即使成功怀孕，精子畸形也可能对后续的孕育过程产生影响，增加早产、低体重儿等问题的发生几率。
需要注意的是，以上只是一些常见的影响，具体情况还需根据个体差异和其他因素来综合判断。如果已经发现精子畸形率较高，建议及时就医，进行详细的检查和咨询。医生会根据具体情况提供个性化的建议和治疗方案，以提高受孕成功率和减少潜在风险。此外，保持健康的生活方式，如均衡饮食、适量运动、减少吸烟和饮酒等，也有助于提高受孕机会和胎儿健康。